오메가3가 심혈관 질환 예방에 얼마나 도움이 되는지에 대한 논란이 계속되고 있다. 최근 발표된 미국심장협회와 미국심장학회 포함한 6개 의학 단체의 임상실무지침에서는 오메가3의 심혈관 질환 예방 효과에 대한 의문을 제기했다.

이 지침에서는 "생선 기름과 오메가3 지방산, 비타민 등은 심혈관질환 위험 감소에 큰 이점이 없다"며 "관상동맥질환 환자에게는 권장하지 않는다"고 밝혔다. 특히 이번 지침은 지난 2012년 이후 11년 만에 개정된 것으로, 오메가3 복용의 심혈관 질환 예방 효과에 대한 재평가를 통해 이같은 결론을 내렸다.

그러나 오메가3 중 특정 성분인 아이코사펜트 에틸(EPA)은 관상동맥 질환이나 심혈관 질환으로 인한 사망을 약 20% 줄일 수 있다는 연구 결과도 있다. 이에 대해 합동 위원회는 "오메가3 복용보다 당뇨병 치료나 생활방식 개선을 우선 고려해야 한다"고 조언했다.

오메가3의 다른 효능에 대한 연구도 진행 중이다. 미국 하버드대학교에서는 오메가3가 심방세동 발생 위험을 줄일 수 있다는 연구 결과를 발표했다. 미국 코넬대 연구팀은 오메가3가 폐 기능에 도움을 줄 수 있다고 지적했다.

과거 연구에서는 오메가3의 고용량 복용이 심혈관 보호 효과가 있다는 결과가 있었으나, 최근의 연구에서는 그 효과를 찾아볼 수 없었다. 이로 인해 오메가3의 심혈관질환 예방 효과에 대한 의견은 갈림으로 나타나고 있다.